В настройках транка (switchport mode trunk) можно указать, какие VLAN’ы на нем запрещены/разрешены.
Например, чтобы разрешить только заданные сети:
(config-if)# switchport trunk allowed vlan 2,999
Чтобы запретить:
(config-if)# switchport trunk pruning vlan 5